Третий президент Индонезии Бухаруддин Юсуф Хабиби в короткие сроки провёл необходимые политические реформы, либерализована избирательная система, сняты ограничения на деятельность политических партий и прессы, в результате чего в выборах 1999 года участвовало 48 партий.
Но экономический кризис продолжался, свержение режима Сухартно усилило центробежные тенденции, во многих регионах активизировались всевозможные сепаратисты, на ряде островов вспыхнули кровавые столкновения между местными и мигрантами-яванцами.
Хабиби пошёл на постепенное расширении прав регионов, в мае 1999 года принят закон о региональной автономии, положивший начало федерализации Индонезии.
В январе 1999 года Хабиби согласился на проведение референдум о независимости в Восточном Тиморе, говорилось и о возможных референдумах в Аче и Папуа.
В октябре 1999 года вновь избранный парламент избрал новым президентом лидера умеренных исламистов Абдуррахмана Вахида, а вице-президентом – лидера демократической оппозиции Мегавати Сукарнопутри. Затем началось противостояние президента и парламента, завершившееся в июле 2001 года импичментом и приходом к власти Мегавати.
Её правительство к 2004 году смогло стабилизировать экономику – ценой масштабной приватизации, массового закрытия предприятий, открытия внутреннего рынка для иностранной продукции, снижения субсидий на товары широкого потребления. Инженеры-авиастроители и прочие "не вписавшиеся" отправились торговать китайскими тряпками на базаре или выращивать рис.
Продолжилась федерализация – причём наиболее широкие полномочия передавались не провинциям, а административным единицам более низкого уровня – районам (кабупатен) и городам.
Первые в истории Индонезии прямые президентские выборы Мегавати проиграла в октябре 2004 года отставному генералу Сусило Бамбангу Юдойоно, который был переизбран на второй срок в 2009 году.
За десятилетие Юдойно достиг заметного прогресса в деле стабилизации положения в стране. В 2005 году удалось достичь мира в Аче, превратившемся в особый регион с широкими правами.
В экономике возобновился рост. Правда теперь, за исключением анклавных промышленных зон вроде расположенного около Сингапура Батама, государство ориентируется на развитие сельского хозяйства и связанных с ним обрабатывающих отраслей, а также добычу полезных ископаемых и инфраструктурные проекты.
Подняли голову исламисты, активно навязывая обществу свою повестку через массовые демонстрации и теракты. В Индонезии появились и "шариатские" банки. А недавно исламисты добились отставки и осуждения за богохульство столичного губернатора Басуки Чихая Пурнама.
Выборы 2014 года принесли победу популярному столичному губернатору Джоко Видоко, в парламенте представлены 10 партий, больше всего мест у Демократической партии борьбы, Голкара и Движения за великую Индонезию (Гериндра).
История Индонезии продолжается.
В завершении - ссылки на старые подобные очерки по истории Индии, Китая, Малайзии, Египта